Sau khi giới thiệu Il-62M, Aeroflot (hãng sử dụng lớn nhất loại máy bay này) dần nâng cấp những chiếc Il-62 cũ của mình với động cơ D-30 KU Soloviev, mà, cộng với vỏ động cơ và những sửa đổi khác, đã giảm bớt khá nhiều tình trạng hư hỏng động cơ. Tới giữa năm 1973, hãng hàng không này sử dụng khoảng 60 chiếc Il-62, và tới năm 1989 con số này đã tăng lên 165 (Il-62 và Il-62M) (Thiel, 2001). Chiếc Il-62M có tỷ lệ hoạt động với Aeroflot là 97% với một số chiếc đạt tới 17 giờ bay/ngày, và nó được miêu tả như là kiểu máy bay đáng tin cậy nhất trong phi đội ở thời điểm đó (Gordon et al, 2004). Nó đã lập nhiều kỷ lục thế giới trong hạng của mình, đáng chú ý nhất là có những tính năng vượt xa hơn rất nhiều những tính toán bảo thủ của Aeroflot đang được áp dụng ở Liên xô thời kỳ dó. Một số kỷ lục trong đó được thiết lập bởi một phi đội toàn nữ năm người dưới sự chỉ huy của Iraida ("Inna") Vertiprahova.Với 10 tấn hàng, chiếc Il-62M có tầm hoạt động tối đa 10,300 km so với 9,412 km của chiếc VC10 chở cùng lượng hàng hoá. Với trọng tải 23 tấn, tầm hoạt động của Il-62M đạt 8000 km, so với 6,920 km của một chiếc Boeing 707 với trọng tải tối đa.

Il-62 được cho là được các phi công đánh giá cao và được hành khách ưa thích, đặc biệt vì sự ổn định hướng tốt trong điều kiện thời tiết xấu (mặc dù khi hạ cánh thỉnh thoảng bị bật lên), tính năng bay êm ái và cabin rất yên tĩnh một phần nhờ vị trí đặt động cơ (Gordon et al, 2004). Một kiểu cấu hình khu vực đơn tiêu biểu cho những chiếc máy bay tầm xa của Aeroflot là: hạng nhất (2-rút gọn) 3 hàng, thương gia (3-rút gọn) 4 hàng, hạng phổ thông (3-rút gọn) 17 hàng (Thiel, 2001). Ở kiểu bố trí này, khu vực trung tâm cho hạng nhất và hạng thương gia khá chật. Một trong những hạn chế của thiết kế Il-62 dban đầu là thiếu một hệ thống vận chuyển hàng vào khoang chở hàng, khiến việc này phải được thực hiện bằng tay vì thế làm thời gian chuẩn bị cho máy bay khá lâu (một hệ thống vận chuyển hàng hoá/hành lý đã trở thành tiêu chuẩn trên chiếc Il-62M). Trái lại, có lối tiếp cận khá dễ dàng tới mọi thành phần cơ khí gồm cả động cơ (Thiel, 2001) trong khi khả năng đảo chiều luồng khí cho phép máy bay chuyển động lùi mà không cần các xe kéo. Thời gian tạm ngừng kiểm tra động cơ thay đổi tuỳ theo các cấu hình kỹ thuật và quy trình bảo dưỡng. Czech Airlines sử dụng một chiếc Il-62 trên cơ sở lên tới 3000 giờ bay giữa những lần ngừng bảo dưỡng, cao hơn khá nhiều so với thời gian đề xuất (và thông thường) là gần 2000 giờ (Gordon et al, 2004) dù Interflug có thể chỉ định 5000 giờ với các cơ sở dịch vụ của họ. Không một hãng hàng không nào gặp sự cố động cơ trong gần ba thập kỷ. Những chiếc Il-62M sau này vẫn đang được dùng trong hoạt động thương mại, hầu hết tại các nước cộng hoà thành viên cũ của Liên xô, nhưng còn ở cả Trung Quốc (hầu hết những chiếc máy bay chở khách Liên xô đều được cho ngừng hoạt động ở Trung Quốc), Libya và Bắc Triều Tiên. Loại máy bay này cũng đang tiếp tục phục vụ trong hoạt động chở VIP/nguyên thủ quốc gia.

Dù thành tích an toàn của chiếc máy bay này không bằng với thành tích của những thế hệ máy bay chở khách mới, không hề có vụ tai nạn gây thiệt hại nhân mạng nào trong khoảng thời gian 1989 và 2009 dù trong thời gian này có nhiều chiếc hoạt động hơn ở những thời điểm trước đó (Thiel, 2001). Mức độ an toàn của Il-62M khá cao so với những chiếc máy bay cùng thời kỳ của nó, hầu hết đã không còn được sử dụng trong hoạt động dân sự. Tổng tỷ lệ hư hại thân vỏ của nó (7.7%) thấp hơn nhiều so với tỷ lệ này của chiếc Boeing 707 (16.4%) và DC-8 (14.9%), gần mức của chiếc VC10 (= 7.8% nếu trừ đi ba chiếc bị những kẻ khủng bố phá huỷ) thậm chí chiếc máy bay đó chỉ hoạt động dân sự trong 16 năm. Nhiều tai nạn nghiêm trọng của Il-62/M trong những thập kỷ hoạt động đầu tiên chủ yếu liên quan tới việc chạy quá đường băng hay huỷ bỏ cất cánh. Hệ thống phanh chỉ sử dụng bộ phận đảo chiều luồng khí của các động cơ phía ngoài, và nếu vì một vài lý do động cơ này hay động cơ kia hư hỏng, có thể là khó khăn để điều khiển máy bay với một phi công ít kinh nghiệm. Bảy tai nạn khi cất hay hạ cánh của nó không dẫn tới thiệt hại nhân mạng, một minh chứng cho thấy tính ổn định tổng thể về kết cấu (và trong hai trường hợp tai nạn có liên quan tới việc hạ cánh [CCCP-86470 và UP-16208] chúng có nguyên nhân vì chiếc máy bay va chạm với các cấu trúc gần đường băng [tháp không lưu và tường bê tông]). Thân chiếc Il-62/M có đặc điểm là vỏ thân kéo dài với một sống kiểu 'ván trượt' cho phép hạ cánh khẩn cấp theo chiều ngược. Tuy nhiên, cái giá cho bộ khung tốt là mức độ tiêu thụ nhiên liệu khá cao (ví dụ lớn hơn Boeing 707) và một số hãng hàng không như Interflug đã sửa đổi những chiếc máy bay của mình nhằm tiết kiệm nhiên liệu (Thiel, 2001).

Một câu chuyện ngoài lề về Il-62 liên quan tới cái gọi là gián điệp công nghiệp. Bởi Il-62 được phát triển cùng khoảng thời gian với VC10, hai chiếc có vẻ ngoài giống nhau, những nhà bình luận Anh thời Chiến tranh Lạnh cho rằng thiết kế của chiếc VC10 có thể đã bị copy lại và đặt tên hiệu cho chiếc Il-62 là "VC10-ski." (Thiel, 2001). Tuy nhiên, không bằng chứng nào cho việc này từng được đưa ra và, như được ghi chú ở trên, chính model VC10 sau này đã sử dụng một số đặc tính thiết kế cánh nguyên thuỷ của Il-62. Có sự khá biệt khá lớn giữa hai chiếc máy bay trong mọi trường hợp, bởi chiếc máy bay Nga lớn hơn, có khả năng chuyên chở cao hơn, tầm bay xa hơn, và nó chỉ thích hợp với những sân bay hiện đại trong khi chiếc máy bay Anh có khả năng hoạt động ở những vùng nông thôn. Không giống như VC10, chiếc Il-62 sử dụng công nghệ cũ, như các đường kết nối bề mặt điều khiển cơ khí, và nó là một máy bay hoàn toàn phát triển trong nước, trong khi VC10 được thiết kế vừa như một máy bay chở khách vừa như một máy bay vận tải quân sự. Il-62 có nhiều khách hàng hơn và được chế tạo với số lượng lớn hơn VC10 (292 vs 54), và vẫn đang hoạt động dân sự (ở thời điểm 2010) trong khi VC10 đã bị rút bỏ khỏi vai trò này từ lâu (năm 1966 BOAC miêu tả chiếc máy bay là không kinh tế và yêu cầu chính phủ trợ cấp nếu nó tiếp tục hoạt động. Sau khi ngừng hoạt động dân sự, một số chiếc VC10 được không quân Anh dùng vào các vai trò hỗ trợ). Trung Quốc và Tiệp Khắc là hai quốc gia đã xem xét việc mua VC10 (cho CAAC và Czech Airlines), trước khi lựa chọn Il-62 (xem VC10: Thương mại và hoạt động hàng không).